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目錄
譯者序
再版序
再版前言
第1章 蛋白質(zhì)組學的10年 1
1.1 蛋白質(zhì)組學導(dǎo)引 1
1.1.1 蛋白質(zhì)組學的含義是什么？ 1
1.1.2 事情是否會有所不同？ 2
1.2 技術(shù)推動了蛋白質(zhì)組學的發(fā)展 3
1.2.1 蛋白質(zhì)分離 3
1.2.2 質(zhì)譜分析 4
1.2.3 數(shù)據(jù)解析 4
1.3 蛋白質(zhì)組學傳達了什么信息？ 6
1.4 什么尚不清楚？ 7
1.5 本書內(nèi)容和相關(guān)結(jié)論 8
參考文獻 9
第2章 基于電泳的蛋白質(zhì)組樣品制備與預(yù)分級技術(shù) 11
2.1 引言 11
2.2 常規(guī)的樣品制備 12
2.3 人為修飾 13
2.3.1 半胱氨酸的還原與烷基化 13
2.3.2 半胱氨酸的日消除 14
2.3.3 賴氨酸的氨甲�；� 15
2.4 蛋白質(zhì)組學的多元化研究方法 16
2.5 預(yù)分級技術(shù) 18
2.5.1 離心分級 18
2.5.2 色譜技術(shù) 18
2.5.3 電泳技術(shù) 20
2.6 用于樣品預(yù)分級的其他方法 22
2.6.1 高豐度蛋白質(zhì)的去除 22
2.6.2 均衡器顆粒 23
2.7 結(jié)論 26
參考文獻 27
第3章 蛋白質(zhì)組學中的蛋白質(zhì)鑒定 31
3.1 引言 31
3.2 蛋白質(zhì)鑒定中有用的屬性 31
3.2.1 來源種類 31
3.2.2 蛋白質(zhì)等電點 32
3.2.3 蛋白質(zhì)分子質(zhì)量 32
3.2.4 部分序列或序列標簽 32
3.2.5 蛋白質(zhì)氨基酸組成 32
3.3 蛋白質(zhì)質(zhì)譜鑒定技術(shù) 34
3.3.1 用于蛋白質(zhì)鑒定的top-down和bottom-up策略 34
3.3.2 MS概述 30
3.3.3 基于肽質(zhì)量指紋譜鑒定蛋白質(zhì) 38
3.3.4 基于多級質(zhì)譜的蛋白質(zhì)鑒定 42
3.4 工具和網(wǎng)址列表 49
3.5 結(jié)語 49
參考文獻 50
第4章 定量蛋白質(zhì)組學 52
4.1 引言 52
4.2 非質(zhì)譜定量分析方法 53
4.3 質(zhì)譜相對定量方法 55
4.3.1 絕對定量還是相對定量？ 57
4.3.2 利用化學標簽引入穩(wěn)定同位素 57
4.3.3 酶催化引入穩(wěn)定同位素 59
4.3.4 通過生物學的代謝標記引入穩(wěn)定同位素 60
4.3.5 不使用穩(wěn)定同位素標記的相對定量法 60
4.3.6 基于質(zhì)譜的絕對定量法 61
4.4 分析已知的翻譯后修飾 61
4.4.1 糖基化 61
4.4.2 磷酸化 62
4.4.3 泛素化 64
4.5 結(jié)語 64
參考文獻 65
第5章 一個基因，多個蛋白質(zhì) 70
5.1 引言 70
5.2 修飾總論：有哪些修飾？發(fā)生在哪里？ 72
5.3 怎樣發(fā)現(xiàn)翻譯后修飾？ 73
5.3.1 蛋白質(zhì)異構(gòu)體的分離 73
5.3.2 共翻譯和翻譯后修飾的檢測 74
5.3.3 修飾分析的策略：top-down與bottom-up的比較 70
5.3.4 翻譯時和翻譯后修飾的MS分析 75
5.4 特定修飾的分析 77
5.4.1 乙�；� 77
5.4.2 磷酸化 77
5.4.3 泛素化和小泛素化 78
5.4.4 糖基化 78
5.5 蛋白質(zhì)翻譯后修飾的功能：比所見到的要多？ 79
5.6 一些有趣的修飾故事 81
5.6.1 促紅細胞生成素的故事 81
5.6.2 脫輔基脂蛋白E的故事 81
5.6.3 早衰癥的故事 83
5.6.4 流感的故事 83
5.7 未來的方向 84
參考文獻 84
第6章 蛋白質(zhì)組成像技術(shù) 89
6.1 引言 89
6.2 2-DE成像技術(shù) 90
6.2.1 凝膠成像分析的前期步驟 91
6.2.2 不同蛋白質(zhì)組方法中的應(yīng)用實例 92
6.3 液相色譜質(zhì)譜 94
6.3.1 液相色譜-質(zhì)譜成像分析技術(shù)的前期步驟 94
6.3.2 不同蛋白質(zhì)組學方法中的應(yīng)用 90
6.4 分子掃描器 97
6.5 成像質(zhì)譜 101
6.5.1 成像質(zhì)譜技術(shù) 101
6.5.2 成像質(zhì)譜應(yīng)用 102
6.6 結(jié)語 103
參考文獻 103
第7章 蛋白質(zhì)組學的數(shù)據(jù)集成 106
7.1 引言 106
7.2 集成中信息的采集和交聯(lián) 108
7.2.1 資源的選擇和量化 108
7.2.2 生物學上的交聯(lián) 109
7.2.3 蛋白質(zhì)組學工作流程的集成單元 111
7.2.4 聯(lián)合集成機制 113
7.3 信息融合集成 115
7.3.1 文本信息 115
7.3.2 本體 116
7.3.3 融合資源的可視化工具舉例 117
7.3.4 從數(shù)據(jù)集成到系統(tǒng)生物學 117
7.4 結(jié)語 118
參考文獻 119
第8章 蛋白質(zhì)的相互作用 123
8.1 引言 123
8.2 人類疾病中的蛋白質(zhì)相互作用：蛋白質(zhì)的錯誤連接導(dǎo)致病變 124
8.3 探索蛋白質(zhì)相互作用 125
8.3.1 表征生物體中所有編碼序列 127
8.3.2 監(jiān)測雙向作用：酵母雙雜交系統(tǒng) 127
8.3.3 親和純化和質(zhì)譜方法分析蛋白質(zhì)復(fù)合物 129
8.3.4 發(fā)光標記哺乳動物相互作用組定位方法 130
8.3.5 蛋白質(zhì)生物芯片 131
8.3.6 數(shù)據(jù)質(zhì)量 131
8.4 生物和生物醫(yī)學應(yīng)用 132
8.4.1 探索病理學和藥理學相關(guān)的作用途徑 132
8.4.2 從酵母相互作用全譜分析中得到的啟示 132
8.4.3 一個新應(yīng)用：蛋白質(zhì)相互作用的小分子抑制劑的發(fā)展 134
8.5 未來發(fā)展方向 135
參考文獻 136
第9章 蛋白質(zhì)組學在生物醫(yī)學中的應(yīng)用 142
9.1 引言 142
9.2 蛋白質(zhì)組學在醫(yī)學上的應(yīng)用 143
9.3 基于體液的疾病診斷 144
9.4 血管疾病 145
9.4.1 簡介 145
9.4.2 蛋白質(zhì)組學在血管疾病和動脈硬化癥中的應(yīng)用 145
9.4.3 蛋白質(zhì)組學在心血管疾病中的應(yīng)用 146
9.4.4 蛋白質(zhì)組學在腦血管疾病中的應(yīng)用 147
9.4.5 結(jié)論 148
9.5 神經(jīng)退行性疾病 148
9.5.1 腦蛋白質(zhì)組 148
9.5.2 神經(jīng)退行性疾病的蛋白質(zhì)表達譜 149
9.5.3 腦脊液(CSF)蛋白質(zhì)標記物 150
9.6 蛋白質(zhì)組學與癌癥 151
9.6.1 腫瘤蛋白質(zhì)組學中生物標記物的篩選 152
9.6.2 腫瘤學中的蛋白質(zhì)組表達譜 153
9.6.3 通過蛋白質(zhì)組學確認組織學起源 154
9.6.4 結(jié)論 154
9.7 藥理毒理學：以2型糖尿病為例 155
9.7.1 糖尿病概述 155
9.7.2 2型糖尿病的病理學 155
9.7.3 2型糖尿病的治療 156
9.7.4 蛋白質(zhì)組學篩選2型糖尿病治療靶標 156
9.8 藥物蛋白質(zhì)組學的現(xiàn)狀及將來方向 157
9.8.1 分析前的問題 157
9.8.2 分析過程中的問題 158
9.8.3 分析后的問題 158
9.9 目前和未來的方向 159
參考文獻 159
第10章 蛋白質(zhì)組學：下一步在哪里？ 163
10.1 引言 163
10.2 組學與生物學的相關(guān)性 164
10.3 蛋白質(zhì)組學技術(shù)的發(fā)展 164
10.3.1 修飾表征 165
10.3.2 全組織分析 165
10.4 蛋白質(zhì)組學的下一個階段：診斷學和藥學 166
10.4.1 診斷 166
10.4.2 藥物 167
10.5 結(jié)語 167
參考文獻 167