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泛癌癥啟動(dòng)子區(qū)DNA甲基化組的深度整合分析
"本書利用TCGA數(shù)據(jù)庫提供的21種癌癥的多組學(xué)數(shù)據(jù),系統(tǒng)性地解析了泛癌癥背景下腫瘤間DNA甲基化組的異質(zhì)性,提出了一系列新的發(fā)現(xiàn)。
首先,DNA甲基化組的泛癌癥聚類揭示了不同類型腫瘤的聚合以及新的癌癥亞型,后者通常與預(yù)后差異有關(guān)。其次,在每種癌癥類型中,轉(zhuǎn)錄因子基因的啟動(dòng)子區(qū)DNA甲基化譜往往比其他基因擁有更大的動(dòng)態(tài)范圍,這可能是癌癥中轉(zhuǎn)錄組異質(zhì)性的潛在來源。最后,本書的分析顯示有大量的CpG位點(diǎn)與基因表達(dá)呈正相關(guān),這種非典型啟動(dòng)子區(qū)CpG位點(diǎn)的數(shù)目是出乎意料的。這些CpG位點(diǎn)在CpG島、ChIP-seq、DNaseI-seq和組蛋白修飾圖譜中的分布顯示,它們的存在不是由于先前所廣為人知的“mCpG依賴的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合與激活”的假設(shè)。本書適合進(jìn)行相關(guān)研究的師生閱讀。 "
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