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本文采用機器學習的方法，研究了蛋白質相互作用和功能預測的幾個重要方面：蛋白質相互作用位點預測、蛋白質相互作用能量熱點(Hot Spots)預測、蛋白質相互作用預測和蛋白質功能預測。提出了一系列的蛋白質相互作用及功能預測方法。